南科大首任理事長由深圳市長許勤擔任的消息在網絡上引來熱烈“圍觀”，不少人認為這是對南科大“去行政化”理念的否定。南科大校長朱清時稱，這是中國現實下的一種必要選擇，如果不由市長當理事長，理事會的權威可能有所削弱。

　　據《廣州日報》報道，7月15-16日，南方科技大學第一屆理事會正式成立。南科大第一屆理事會理事長由市委副書記、市長許勤擔任，副理事長由市委副書記王穗明、副市長吳以環、省教育廳副廳長魏中林擔任。

　　20名理事會成員中，深圳市市長許勤出任理事長，深圳市委副書記王穗明、深圳市副市長吳以環、廣東省教育廳副廳長魏中林、深圳人民政府秘書長李平、深圳市人力資源保障局局長王敏、深圳市法制辦主任王璞、深圳市財政委主任喬家華、深圳市發改委主任徐安良、深圳市教育局長郭雨蓉是來自政府的理事，官員占到出席理事成員的一半。

　　此外，還有6位現任或原任大學校長出任理事，分別為北京師范大學校長鐘秉林、南方科技大學校長朱清時、北京航空航天大學原校長李未、中山大學原黨委書記李延保、上海交通大學原校長謝繩武、香港科技大學創校校長吳家瑋，占到理事成員的30%。此外，還有20%理事來自企業界，包括平安公司董事長兼首席執行官馬明哲、比亞迪公司董事長王傳福、華僑城集團董事長任克雷、研祥集團董事長陳志列。

　　南科大的“基本法”《南方科技大學管理暫行辦法》規定，理事會是南科大的決策機構。理事會可以聘任或解聘校長、副校長，審定學校章程、財務預決算報告、以及學校的中長期發展規劃等。

　　而此前朱清時校長在接受《南方周末》等媒體采訪時，曾經多次明確提出“去行政化”口號，高校要打破行政級別的束縛，實現教授治校。
面對政府官員占到南科大理事會半壁江山的現象，不少人認為這是對南科大“去行政化”理念的否定。

　　《南方都市報》報道，朱清時7月17日在深圳錄制湖南衛視《岳麓實踐論》節目時說，7月15日的理事會會議是“最糾結的一天”。朱清時認為這是中國教育史上一件大事，內地終于有一所大學由理事會來領導“理事們對辦學方針和規劃，從自身的經驗和認知來提問，絕大多數是善意的。但也有一些糾結在次要問題上，需要我們逐個解答，大大透支了精力。”

　　不過朱清時也強調，他心里很高興，“這是一個學習的過程，可能要過很多年以后，大家才知道怎么組織理事會，理事應該有怎樣的職責和準備，在理事會上應該怎么發問等。”

　　朱清時強調，這是中國現實下的一種必要的選擇。如果不由市長當理事長，理事會的權威可能有所削弱。

　　“它的決議市政府承認嗎？比如南科大的預算，理事會通過后政府同不同意？財委認不認賬？所以還是由市長當（理事長），這是目前必要的一步。改革不可能一步到位。我們要積小步成大步。”朱清時說。

　　對于朱清時所談及的預算問題，《南方科技大學管理暫行辦法》第二條明確規定，南科大是深圳市政府依法設立的公辦普通高等學校。

　　上述辦法的第三十九條與第四十條則規定，南科大的辦學經費體制以深圳市的財政撥款為主，其他多種渠道籌措經費為輔。深圳市政府將經理事會審定的對南科大的經費投入納入財政預算，經深圳市人大常委會審議通過后，由深圳市財政部門及時足額撥付。