首任廉政署署長周志榮告訴臺灣媒體，廉政署是以反貪、防貪為主，肅貪為輔。過去，臺灣政風業務只負責行政查處，檢查官、法官負責追訴審判，欠缺將整個環節結合的一個平臺。廉政署成立就是建立這個平臺。

　　臺灣官僚體系貪污“黑數”（又稱犯罪暗數、刑事隱案，是指實際已經發生但由于種種原因尚未納入警方記載的犯罪數量）存在多年，弊案頻傳，近期暴發的事件，包括關稅總局人員涉嫌集體貪污、警方涉入特種行業，以及前總統李登輝涉嫌貪污受到起訴。雖然臺灣輿論對隸屬于法務部的廉政署整頓公務員貪腐歪風的作用持保留態度，但臺灣終于有了與香港和新加坡類似的專責肅貪機構，新機構的表現深受各方關注。

　　設立廉政署是馬英九的競選支票，他強調臺灣貪污犯罪“黑數”很大，重要的是“抓得到，判得下” ，有效地掌握證據，起訴之后盡量做到百發百中，而不是拿起肅貪大刀隨意揮舞，但最后無法定罪，既打擊公務員士氣又無法達到效果。

　　他表示，萬一真的發生貪污事件，政府一定要做到主動發掘、明快處置、配合偵辦、對外說明，要讓外界感覺是一個不怕家丑外揚的政府。這樣的態度也有助廉政署的未來發展。

　　他指出，國際透明組織發布貪腐狀態的印象指數，排名前十名的國家，本身就是經濟發達，競爭力強，因此清廉與國家競爭力有密切關系。

　　針對外界質疑廉政署組職位階僅三級機關，未能充分發揮肅貪作用，他認為臺灣廉政署和香港、新加坡直接隸屬于總理或特首的組織不同，但以國際透明組織排名前十名的國家和地區來看，全世界的實務運作，主要是由執法機關查辦貪污事件，新加坡和香港不是通例。

　　據國際透明組織去年的排名，新加坡居第二位，位于同樣獲得第一名的丹麥和紐西蘭之后，香港和臺灣則分居第13名和第33名。前十名的國家中，新加坡是唯一亞洲國家，多數是歐洲國家。

不直接隸屬總統府

　　臺灣廉政署不直接隸屬于最高領導人還有臺灣政治現實的考量。臺灣政治存在著藍綠嚴重對立情況，若廉政署隸屬總統府，將會被在野黨說成是執政者的“東廠”、“禁衛軍”。

　　原來也負責貪瀆防制、洗錢防制的調查局和新成立的廉政屬是否存在著疊床架屋，功能重疊的問題？馬英九和周志榮都作了回應，認為職權上或許有重疊，但功能不盡相同，廉政屬主力防貪，彼此可以有良性的競合關系，達成分進合擊的效果。

　　周志榮指出，目前編制人員不到200人的廉政署是依據聯合國反貪腐公約而成立，其功能并不是外界所以為的肅貪為主，恰恰相反，而是以防貪、反貪為主，肅貪為輔。對于盲從、屈從和誤觸法網者，廉政署將給與自新并減輕刑罰的機會，而對于貪瀆高風險的業務，如何防貪，分析并提出具體的改善方案，以達到預防貪瀆犯罪發生的作用。

　　目前臺灣貪瀆定罪案為55%。國民黨立法院黨團首席副書記趙麗云認為廉政署首要任務就是要把貪瀆定罪率提高一成，讓民眾有感。

　　國民黨立法院黨團書記長謝國樑則認為，廉政署需要拿出政績，才能令民眾信服。他要求一個月內挑“大咔”（高官）辦出成效。

　　民進黨立院黨團則檢舉10起與總統馬英九、臺北市長郝龍斌有關案件，要求廉政署查辦，以檢視廉政署的公正無私。

　　民進黨籍立委黃偉哲說，廉政署的主要骨干都是政風人員，政風人員是否發揮機關防腐劑的功能值得觀察，但過去特偵組或檢調機關常被批辦綠不辦藍、政治權斗，廉政署若步上特偵組等機關的后塵，讓人對澄清吏治、建立公正的司法形象打問號。